1969年，国际动画电影协会在伦敦举行会议，南斯拉夫的萨格勒布同英国的布赖顿，瑞士的日内瓦，加拿大的蒙特利尔和意大利的里米尼一起成为国际动画节的候选城市。经过激烈的竞争，萨格勒布最终赢得了这一永久性国际动画节的举办资格。第一届萨格勒布世界动画电影节在1972年6月开幕。动画节的标志"Z... is for Zagreb"最初是著名的萨格勒布动画电影学会的箴言（这是一群活跃于20世纪60年代到80年代的萨格勒布电影工作者）。现在，它成了动画节的专署代表。萨格勒布动画电影节，是世界动画电影领域最重要的事件之一。

    1986年，动画节设立了终身成就奖（这在动画电影领域尚数首次），这个奖项是为了表彰那些开创了动画电影流派或为动画电影的发展做出开拓性贡献的艺术家们。2002年，组委会又为在动画理论方面取得突出成就的动画工作者设置了专门奖。

    2005年，在成功举办过33届两年一次的动画节之后，萨格勒布组委会决定把它的活动分成两个部分。在单数年的10月末，为超过60分钟的长篇动画电影举办独立的竞赛。因为长篇动画电影的数量正在逐年增加，它们开始形成独立的产业，表述独立的世界，值得动画节予以全力关注。萨格勒布将特别支持欧洲原创，因为在南欧和其他处于社会转型期的国家中，由于电影市场还很小，原创作品在和美国动画电影工业巨兽的竞争过程中几乎没有出头之日。在双数年，和以往一样，在六月中旬，举办的是动画短篇竞赛。